Kada se koristi POP (Post Office Protocol) za prijem pošte, sva pošta sa servera se preuzima i čuva na lokalnom računaru, nakon čega se briše sa servera. Sve radnje koje izvršimo na primljenim porukama se vrše samo na našem računaru. Kada bismo promenili računar sa koga proveravamo poštu (npr. kućni računar, računar na poslu ili mobilni telefon), poruke koje smo prethodno preuzeli na kućni računar više ne bi postojale na serveru, tj. ne bismo mogli da ih preuzmemo i na drugom uređaju, niti bi bile dostupne u okviru WebMail aplikacije.
To se može izbeći tako što bi se u podešavanjima email klienta, pre preuzimanja pošte, podesila opcija da se kopija preuzete pošte ostavi na serveru (zauvek ili samo za određeni period), ali će se onda na drugom računaru i poruke koje smo već pročitali prikazati kao nove, odnosno nepročitane.
Uz to, POP protokol omogućava pravljenje samo lokalnih foldera i markera za sortiranje pošte – sva pošta na serveru se smešta u Inbox, pa je potrebno na više računara imati ista podešavanja filtera i foldera.
Takođe, kod POP protokola se sva nova pošta i eventualni fajlovi koji su prikačeni uz mail preuzimaju na lokalni računar prilikom provere pošte, što možda nije praktično ako se koristi spora internet konekcija.
POP3 protokol koristi TCP port 110, odnosno port 995 za SSL/TLS komunikaciju sa mail serverom.
IMAP (Internet Message Access Protocol) je protokol koji omogućava pristup i upravljanje porukama direktno na serveru. To praktično znači da folderi za sortiranje poruka koje napravimo sa IMAP protokolom kreiraju te foldere na serveru i biće potpuno isto vidljivi sa bilo kog uređaja da se povezujemo. S obzirom na to da se sve poruke čuvaju uvek na našem serveru, odnosno u vašem hosting nalogu veoma je važno da vodite računa da u email nalogu i hosting nalogu uvek ima dovoljno slobodnog prostora i da po potrebi proširite limit prostora email naloga ili obrišete nepotrebne poruke ili pređete na veći hosting paket, ako imate potrebu da čuvate veći broj poruka na serveru.
Takođe, za razliku od POP protokola, IMAP na serveru označava poruku kao pročitanu, tako da će jednom pročitana poruka biti prikazana kao pročitana i na svim drugim uređajima (email klijentima) na kojima preuzimate e-poštu. Takođe, ako se pošta obriše sa jednog uređaja ili direktno na serveru, putem WebMail aplikacije ili cPanel-a, ona će biti obrisana sa svih uređaja koji su povezani putem IMAP protokola na isti email nalog.
Još jedna razlika u odnosu na POP je u tome što IMAP ne preuzima kompletne sadržaje svih novih poruka sa servera, već samo onih koje korisnik otvori u email aplikaciji. To u praksi znači da je potrebna stalno otvorena veza sa serverom i aktivna internet konekcija da bi bilo moguće čitanje novih poruka.
IMAP protokol koristi TCP port 143, odnosno port 993 za SSL/TLS komunikaciju sa mail serverom.
